Από την 1 Μαΐου 2004 εφαρμόζεται ο Κανονισμός (Ε.Κ.) αρ. 139/2004 του Συμβουλίου αναφορικά με τον έλεγχο των συγκεντρώσεων μεταξύ επιχειρήσεων (Κοινοτικός Κανονισμός Συγκεντρώσεων). Με τον εν λόγω Κανονισμό επιδιώκεται ο αποτελεσματικός έλεγχος των συγκεντρώσεων που εμπίπτουν στο πεδίο εφαρμογής του, οι οποίες εξετάζονται αποκλειστικά σε κοινοτικό επίπεδο από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, σε στενή όμως συνεργασία με τις αρμόδιες αρχές των κρατών μελών.
Ο εν λόγω Κανονισμός περιέχει πρόνοιες για τον έλεγχο και την αντιμετώπιση από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή των συγκεντρώσεων με κοινοτική διάσταση, όπως αυτές προσδιορίζονται στο άρθρο 1, αναφέροντας όμως και αναλύοντας στο άρθρο 19 τις σχέσεις με τις αρχές των κρατών μελών. Όπως αναφέρεται ρητά και στο προοίμιο του Κανονισμού, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή θα πρέπει να ενεργεί σε στενή και συνεχή συνεργασία με τις αρμόδιες αρχές των κρατών μελών από τις οποίες συγκεντρώνει πληροφορίες και αποδέχεται τις παρατηρήσεις τους, με την ενεργό συμμετοχή των τελευταίων στη Συμβουλευτική Επιτροπή Συγκεντρώσεων.
Περαιτέρω, ο Κανονισμός περιέχει ένα σύνολο κανόνων που διέπουν την παραπομπή συγκεντρώσεων από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή προς τα κράτη μέλη και από τα κράτη μέλη προς την Επιτροπή, επιδιώκοντας την εξισορρόπηση, από τη μία, των συμφερόντων των κρατών μελών στις περιπτώσεις που μία συγκέντρωση με κοινοτική διάσταση απειλεί να επηρεάσει σημαντικά τον ανταγωνισμό στην αγορά ενός κράτους μέλους, που φέρει όλα τα χαρακτηριστικά μίας διακριτής αγοράς, και από την άλλη, την ανάγκη διασφάλισης ασφάλειας δικαίου και την αρχή του ενιαίου ελέγχου, στην περίπτωση που μία συγκέντρωση μη κοινοτικής διάστασης απειλεί να επηρεάσει το δικοινοτικό εμπόριο.
Μία καινοτομία που εισάγει ο εν λόγω Κανονισμός είναι η πρόνοια για τη δυνατότητα των συμμετεχουσών επιχειρήσεων, πριν από την κοινοποίηση μίας συγκέντρωσης, με αιτιολογημένη αναφορά τους να ζητήσουν από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή είτε την παραπομπή μίας συγκέντρωσης με κοινοτική διάσταση σε κράτος μέλος, είτε την παραπομπή μίας συγκέντρωσης με μη κοινοτική διάσταση προς την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, τηρουμένων των λοιπών προϋποθέσεων που τάσσονται από τον Κανονισμό.
Εν κατακλείδι, το πλέγμα των κανόνων και αρχών, που διέπουν τον ουσιαστικό έλεγχο των συγκεντρώσεων σε κοινοτικό επίπεδο, επιδιώκουν να εξασφαλίσουν ένα σύστημα ανόθευτου ανταγωνισμού στην κοινή αγορά, και περιέχουν ένα σύνολο υποχρεώσεων και δικαιωμάτων για τα κράτη μέλη και ειδικότερα για τις αρμόδιες αρχές, ώστε να εξασφαλιστούν οι στόχοι και επιδιώξεις του Κανονισμού.